Tem várias opções. Pode correr uma versão Live que corre unicamente via CD/DVD sem alterar o disco rígido. Pode também optar por instalar o Ubuntu Edição FEUP no disco rígido, redimensionando a partição do Windows. Consulte este tutorial para mais informações.
Outra alternativa é optar pelas versões virtuais, que são executadas dentro do sistema Windows ou MacOS.